由於彌賽亞的出現，令奧布陷入了隨時可能遭受到毀滅性打擊的危險境地。吉良不得不讓阿斯蘭和大天使號先行一步摧毀鎮魂曲，由自己和永恆號來牽制ZAFT軍。 　　

雷讓真去追趕阿斯蘭，決意自己獨自和吉良做一了斷。在和傳奇高達的戰鬥中，吉良竟然感應到了與克魯澤一樣的信息，不禁大驚失色。 　　

密涅瓦號趕上了大天使號，兩艦終於展開了最後的宿命對決。混戰中，阿斯蘭遇上了駕駛著脈動高達的露娜瑪麗亞。露娜瑪麗亞不顧阿斯蘭的勸阻，執意對其進行攻擊，結果脈動高達反被擊傷。見此情景，真憤怒地發動了種能力，與阿斯蘭戰在一處。 　　

與克魯澤同樣是克隆體的雷向吉良表示自己就是克魯澤，並以猛烈的炮火宣洩出對吉良這個最優秀的新人類無盡的憎恨；然而吉良卻否認了雷的觀點，認為每個人的存在都是不可替代的唯一。雷的心靈因吉良的話語而受到強烈的衝擊，傳奇高達也因此被強襲自由高達的炮火擊中。 　　

另一方面，阿斯蘭和真的戰鬥也終於分出了勝負，命運高達大破，與脈動高達一起降到了月面上。慘烈的戰鬥仍在繼續，密涅瓦號受到了大天使號的近距離直擊，並被無限正義高達破壞了主推進器，被迫墜落至月面。 　　

新創世紀再度發射，鎮魂曲也將目標設定為奧布。萬分危急的時刻，阿斯蘭和穆強行突入鎮魂曲內部將其破壞，吉良也開始使用流星系統重創彌賽亞要塞。 　　

真從昏迷中醒來，所見的卻是鎮魂曲的毀滅和即將消亡的彌賽亞，失去信念依托的他在露娜瑪麗亞的懷裡痛哭不已。 　　

吉良獨身一人進入彌賽亞的指揮部，在那裡等待著他的正是杜朗達爾。就在持槍相向的兩人以各自的理念發生激烈碰撞的時候，雷和塔麗亞也先後來到了這裡。槍聲響起，杜朗達爾倒了下去，然而開槍的卻是被吉良的話所打動而不願沒有明天的雷……塔麗亞讓吉良迅速撤出即將爆炸的彌賽亞，自己則留下來陪伴杜朗達爾和雷。 　　

在眾人的注視下，彌賽亞永遠地消失了；宇宙中滿目間只剩下無數的殘骸，彷彿在訴說著什麼……

——全劇終——