C.E.73 年 10 月 2 日，奧布聯合酋長國首相卡嘉莉 · 阿斯哈來到 L4 的殖民衛星阿莫利萬，決定與 PLANT 的杜朗達爾議長舉行機密會談，與其同行的還有隱姓埋名的阿斯蘭；而就在同一個地方， ZAFT 軍的新型戰艦 “ 密涅瓦號 ” 的入水儀式也即將進行。

　　一派輕鬆的氣氛下， “ 密涅瓦號 ” 所屬的真也與同事尤蘭等人上街閒逛，並偶遇秘密潛入阿莫利萬的地球聯合軍特務部隊所屬成員 —— 斯特拉 · 魯西耶，但雙方並不知道彼此的真實身份。

　　就在入水儀式即將舉行的時候，阿莫利萬的 MS 格納庫遭到了地球聯合軍特務部隊的突然襲擊， ZAFT 軍所開發的三架最新型高達也被奪走。 ZAFT 的 MS 部隊損失慘重，而卡嘉莉和阿斯蘭也陷入危險之中。就在這危急時刻，飛鳥真駕駛劍裝備型脈動高達擋在三架高達的面前。